Un an s'est écoulé depuis le "requiem pour Zéro". La nouvelle impératrice de Britannia, Nunnally et son garde du corps, Suzaku (ayant pris l'alias de Zéro), sont pris en embuscade par une escouade de Knightmares. Suzaku est facilement vaincu et les deux sont faits prisonniers par Shalio et Shamna, les dirigeants frère et sœur du royaume du Zilkhistan. Ce dernier a souffert de la paix mondiale paralysant leur principale exportation : les soldats mercenaires. Pour restaurer leur puissance d'antan, ils comptent utiliser Nunnally pour accéder à l'inconscience collective (Dieu) dans le monde de C. Suspectant l'implication du Zilkhistan, Kallen, Sayoko et Lloyd s'infiltrent dans le pays. Ils se heurtent à C.C. et à un Lelouch méconnaissable : amnésique, vide et apeuré. Pour sauver cette paix durement acquise, nos quatre amis vont devoir affronter de nouveaux détenteurs du Geass, s'allier à d'anciens ennemis et percer le monde de C afin de ressusciter leur ultime espoir de survie : Lelouch ! -Bubu-