La jeune Sheeta est retenue prisonnière dans une forteresse volante en plein ciel par des hommes qui cherchent à percer le secret dont elle aurait la clé. Profitant d'une attaque de pirates du ciel, elle tente de s'évader, mais glisse et tombe. Pazu, un jeune garçon intrépide qui travaille à la mine, la voit tomber du ciel, entourée d'une aura émanant de son pendentif. Bientôt, elle avoue à Pazu qu'elle est la descendante des souverains de la mythique cité de Laputa, le château dans le ciel…