En l'an 2029, les humains sont devenus interconnectés par un vaste réseau informatique imprégnant chaque aspect de la vie. De plus, la robotique a fait des progrès tels que les implants cybernétiques et les robots humanoïdes sont devenus monnaie courante. Des corps peuvent être ainsi créés de toutes pièces, des consciences déplacées d'un corps à un autre. Quelle alors est la limite entre humain et humain artificiel ? La réponse est le ghost, une sorte d'âme résidant dans chaque corps et conférant à un être son individualité. Le major Motoko Kusanagi est un agent au corps cybernétique de dernier cri, agissant selon ce que lui souffle son "ghost". Malgré cela, la jeune femme commence à douter de sa propre nature. Or, elle et son collègue cyborg Batou de la section 9, une unité anti-terroriste du gouvernement japonais, vont être confrontés au Puppet Master, le hacker le plus dangereux et insaisissable au monde. Celui-ci est capable d'atteindre et de manipuler n'importe quelles données, y compris celles contenues dans la mémoire humaine. Kusanagi et son équipe sont alors chargés de capturer le cybercriminel. L'affaire se complique lorsque leur enquête les amène à suspecter le ministère des Affaires Étrangères et à entrer en rivalité avec son service de contre-espionnage, la section 6, qui traque aussi le Puppet Master dans le cadre du mystérieux « projet 2501 »... -Bubu-