Pour contrer la menace que représente Cherubimon, le Digimon maléfique ayant asservi le monde numérique, Takuya, Koji, Junpei, Izumi, et Tomoki acquièrent la capacité de se métamorphoser en esprits légendaires, devenant ainsi des « Guerriers Digimon ». Commence alors un long périple visant à restaurer la paix.